La segunda leyenda cuenta que en la tumba no está Santiago el Mayor, sino el hereje Prisciliano de Ávila, que fue ejecutado en Tréveris, siendo la primera víctima de la Iglesia condenada por herejía a muerte. La leyenda narra que, tras la ejecución de Prisciliano, fue llevado a Compostela y enterrado junto a otros seis de sus seguidores. Allí fueron tratados como mártires.
Ninguna de las dos hipótesis es concluyente, las dos tienen partidarios y detractores. La Iglesia no ha dejado investigar exhaustivamente con los supuestos restos del apóstol, así que todo son conjeturas. Sin embargo, sí se han hecho otro tipo de investigaciones y conjeturas como cuando en 1955 se descubrió la lápida del obispo Teodomiro, acabando con las opiniones que decían que ese personaje nunca existió y, por lo tanto, sirvió para dar más credibilidad a toda la leyenda santiaguista. Pero también se excavó el subsuelo de la Catedral, apareciendo vestigios de un cementerio paleocristiano que parece datar de la época de Prisciliano. Puede sonar raro que siendo obispo de Ávila, Prisciliano fuera enterrado en Galicia, pero es que posiblemente fue en esa zona de Hispania donde tuvo mejor acogida sus creencias y enseñanzas. Es curioso que una de las rutas jacobeas proviene de Tréveris, siguiendo la supuesta ruta del cadáver de Prisciliano hacia Compostela.
De fe cristiana, fue imbuido por el pensamiento gnóstico oriental, probablemente procedente de Egipto, así como del pensamiento maniqueo. Sus enseñanzas fueron conocidas como priscilianismo. Su doctrina parece que era muy conservadora con la antigua ley mosaica, negaba la Trinidad y no seguía la ortodoxia de la Iglesia oficial de Roma. Todos estos razonamientos fueron considerados por muchos contemporáneos como herejía, sobre todo la negación de Jesús como divinidad dentro de la Santísima Trinidad y la creencia personal en que Tomás era su hermano gemelo.
Él, con la ayuda de sus principales colaboradores, difundió su mensaje que cautivó, entre otros, a los obispos Instanciano y Salviano. Tras unos años de difusión de su doctrina, el Concilio de Zaragoza de 380 decretó excomunión para Prisciliano y tres obispos hispanos que le apoyaban. Como reacción, estos obispos decidieron ordenar sacerdote a Prisciliano y le nombraron obispo de Ávila.
Sus conflictos con la cúpula del poder de Roma fueron a peor cuando no sólo no se arrepintieron de su herejía, sino que intentaron justificarla y pedir explicaciones al Papa Dionisio. Al ver que no podían hacer nada por medios eclesiásticos, acudieron a los medios civiles. Tras cuatro años de favor del emperador, el cambio de emperador llevó a Prisciliano y a los suyos a ser condenados por un tribunal civil por crimen de magia.
En el año 385 fue decapitado ante la Porta Nigra de la ciudad de Tréveris. Tras la muerte de los herejes, su mensaje se propagó más, convirtiéndose en mártires de la causa de lo que se llamó el priscilianismo.